Depuis 2018, Margaux Bonopera a été co-commissaires des expositions Souffler de son souffle 2021, Nature Humaine - humaine nature 2022, les femmes et l'abstraction, 2023 (avec Bice Curiger et Julia Marchand), l'Atelier du sud 2023, ( avec Bice Curiger, Vassilis Oikonomopoulos et Eimear Martin) et la Haute Note Jaune 2024, (avec Bice Curiger)

Elle a également participé à l'élaboration des expositions consacrées à Laura Owens, Nicole Eisenman, Sigmar Polke ou encore au tableau de la Nuit Étoilée de Vincent van Gogh.